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遺伝子解析ツール集：アミノ酸配列解析ツール
■多数のアミノ酸配列解析サービスを提供しているサイト |
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| ExPASy ★ | 蛋白質データベースSWISS-PROT+TrEMBLやSWISS-2DPAGEを提供するとともに、ExPASy Proteomics Toolsでは多数の蛋白質解析ツールを提供している。The ExPASy (Expert Protein Analysis System) proteomics serverはSwiss Institute of Bioinformaticsが運営している。 |
| NPS@ |
PBIL（Pole Bio-Informatique Lyonnais）の提供する蛋白質解析ツール提供サイト。ホモロジーサーチ、モチーフ、ドメイン解析、アラインメント、２次構造予測など。Network Protein Sequence @nalysis。 |
| PAPIA | 産業技術総合研究所生命情報科学研究センターが提供する並列タンパク質情報解析システム。TBIATなど他にはあまりない方法での蛋白質アラインメントや相同性検索などが可能。 |
| Prediction servers at CBS | 各種予測ツール提供サイト。Center for Biological Sequence Analysis at Technical University of Denmark |
■メタサーチ |
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| BCM Search Launcher ★ |
核酸配列および蛋白質配列解析のメタサーチ。Baylor College of Medicine, Human Genome Sequencing Center提供。。一度、シークエンスを入力すれば、必要なデータベースを指定するだけで、様々なデータベース検索が出来る。対象データベースは、ホモロジーサーチ、モチーフサーチをはじめ非常に多い。マルチプルアラインメントもある。インターフェースも使いやすい。 |
| All-In-One Seq Analizer | 核酸配列および蛋白質配列解析のメタサーチ。１ページにコンパクトにまとまっている。U of Michiganの猪原氏提供。 |
| ProSAL |
アミノ酸配列解析のメタサーチ。Protein Sequence Analysis Launcher。SBNet（Structural Biology Network）、Swedish Foundation for Strategic Researchの提供。対象データベースは、ホモロジーサーチ、モチーフサーチを始め20を越える。 |
| Biology
Workbench 3.2 |
核酸配列および蛋白質配列解析のメタサーチ。メタサーチと呼ぶには申し訳ないほどたくさんの機能がある。独特のインターフェースなので、使いこなすにははじめは苦労するかも。San Diego Super Computer Center提供。無料だが登録必要。 |
| SRS | 分子生物学全般にわたるメタサーチ。 SRS(Sequence Retrieval System)。EMBL提供。 |
■統合型蛋白質データベース |
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| CDD ★ | SMARTとPfamのデータに独自のデータを加えたNCBIの運営するドメインデータベース。Conserved Domain Database。 |
| InterPro ★ | タンパク質関連のデータベース。PROSITE、PRINTS、ProDom、Pfam、TIGRFAMs、SMARTなどを統合したもの。 |
| MOTIF ★ | タンパク質関連のデータベース。PROSITE、PRINTS、ProDom、PRINTS、Pfamを統合したもの。核酸配列モチーフのTRANSFACも検索できる。 |
| Prediction Protein ★ | アミノ酸配列解析サービスを提供するウェブサイト。内部のデータベースで処理をするPredictProtein（default、advanced、expert）とメタサーチのMETA PredictProteinがある。 |
| eMOTIF | BLOCKS+とPRINTSを統合した蛋白質モチーフデータベース。 |
| iProClass | タンパク質関連のデータベース。PIR、SwissProt、PIR superfamily、family、domain、motif、post-translational modification siteを統合したもの。 |
| PANAL | タンパク質関連のデータベース。PROSITE、BLOCKS、PRINTS、ProDom、Pfam、TIGRFAMs、SMARTなどを統合したもの。 |
| ProfileScan | タンパク質関連のデータベース。PROSITE、PRINTS、Pfamを統合したもの。 |
■アミノ酸ドメイン・モチーフデータベース |
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| Pfam ★ | Protein families database of alignments and HMMs。もっとも広く使われているドメイン（タンパク質ファミリーの保存部位、モティーフより大きな単位）のデータベース。 |
| SMART | アミノ酸ドメインデータベース。 |
| ProDom | アミノ酸ドメインデータベース。 |
| TIGRFAM | アミノ酸ドメインデータベース。The Institute for Genomic Research提供。 |
| PROSITE ★ |
一番よく知られているアミノ酸モチーフのデータベース。 |
| BLOCKS | PROSITEの各モチーフに対応した局所的なアラインメントを集めたギャップのないアミノ酸モチーフデータベース。 |
| PRINTS | 配列上のアミノ酸出現確率の並びで表されたモチーフデータベース。 |
■細胞内局在予測 |
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| SignalP | シグナルペプチド予測。既知のシグナル配列を学習して、それを元にシグナル配列の位置を予測する。 |
| PSORT ★ | タンパク質局在部位予測。各器官に存在する確立を表示する。 |
■膜貫通領域予測 |
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| SOSUI ★ | 膜タンパク質か否かを判定し、膜タンパク質の場合は、膜貫通部分はどこかを予測する。東京農工大三宅研究室で開発されたプログラム。 |
| MEMSAT | 膜貫通領域予測。 |
| TroPred | 膜貫通領域予測。 |
| TMHＭM | 膜貫通領域予測。 |
| PHDhtm | 膜貫通領域予測。ホモロジー検索・ 膜貫通領域予測等を含むPredictProteinの中で提供。 |
■二次構造予測 |
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| Chou-Fasman法 PAPIA(500残基まで） Virginia Univ. |
二次構造中のアミノ酸出現傾向を利用した、古くから利用されている 予測ツール。 |
| NPS@ | 様々な方法での二次構造予測が可能。 |
| 二次構造予測法のひとつ。比較的精度が高い。 | |
| PHDsec
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マルチプルアライメントをニューラルネットワークで学習させて予測に応用しているもので精度が高い。正答率70%。現在、もっともよく使われている。ホモロジー検索・ 膜貫通領域予測等を含むPredictProteinの中で提供。 |
| PSIPRED ★ | PSI-BLASTによるマルチプルアライメント結果を利用した ニューラルネットワーク予測により非常に予測精度が良いツール。 PHDsecより精度がいいと主張している。 |
■その他のツール |
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| NetOglyc ★ | グリコシレーション部位の予測 |
| Coiled-coil predicition | Coiled coil予測 |
| HELIX-TURN-HELIX MOTIF PREDICTION | HELIX-TURN-HELIX MOTIF予測 |
| NetPhos ★ | リン酸化部位予測 |
| TagIdent tool ★ | 等電点と分子量を入力すると、該当する蛋白質を教えてくれる。 |
| ProtParam tool ★ | アミノ酸配列を入力すると、分子量、アミノ酸組成、等電点など各種化学的性質を教えてくれる。 |
| Biopolymer Calculator | アミノ酸配列を入力すると、分子量、アミノ酸組成など各種化学的性質を教えてくれる。 |
| PHYSICO-CHEMICAL PROFILES | アミノ酸配列を入力すると、antigenicity、hydropphobicityなどを教えてくれる。 |
■2D-gel電気泳動データベース |
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| SWISS-2DPAGE | proteins identified on various 2-D PAGE and SDS-PAGE reference maps。exspacy提供。 |
■立体構造データベース |
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| PDB ★ | The Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)が運営するタンパク質の高次構造についてもっともよく使われるデータベース。 |
| SCOP | 手作業で更新している構造分類データベース |
| SAS | 蛋白質配列を入力すると、構造解析から知見が得られている配列を同定してくれる。Sequences Annotated by Structure。 |
更新記録
●2001年12月25日：新規掲載
★印はおすすめサイトです。これ以外にも有用なサイトがあれば、お知らせ下さい。
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