遺伝子解析ツール集：核酸配列解析ツール

■メタサーチなど

Genbank IDあるいは遺伝子配列をQuery投入することで、PCRプライマー設計、ORF予測などを行ってくれる。その他相同性検索ツールやデータベースへのリンクなど。
PCR Primer selection プライマー設計支援ツール
Tm Determination Tm値予測
DNA sequence translation

核酸配列および蛋白質配列解析のメタサーチ。Baylor College of Medicine, Human Genome Sequencing Center提供。。一度、シークエンスを入力すれば、必要なデータベースを指定するだけで、様々なデータベース検索が出来る。対象データベースは、ホモロジーサーチ、モチーフサーチをはじめ非常に多い。マルチプルアラインメントもある。インターフェースも使いやすい。

■転写因子結合部位などの核酸のモチーフ検索

真核生物のcis-elementおよび転写因子のデータベース。TRANSFACは以下の６つのデータベースの集合体である。

• SITE：転写因子結合部位の塩基配列と位置、その部位に結合する転写因子名などの情報。
• FACTOR：DNAに結合する蛋白質についての転写因子名、アミノ酸配列、構造機能的特徴。
• GENE：cis-elementが属する遺伝子の情報。
• CELL：cis-elemnetと相互作用する蛋白質が得られた細胞系、組織、器官、生物などについての説明。
• CLASS：DNA結合ドメインをもとにクラスに分類された転写因子の特色。
• MATRIX：転写因子結合部位の塩基配列の頻度マトリクス。

蛋白質と核酸のモチーフを統合的に検索するツール。蛋白質のモチーフデータベースとして、Prosite、BLOCKS、ProDom、PRINTS、Pfamなどを利用。核酸のモチーフ検索はTFSEARCHを利用。Genome Net提供。

■制限酵素マップなど

NEBが提供する制限酵素データベース。制限酵素サイトを調べるNEBcutterをはじめ、あらゆる制限酵素関係の情報、ツールが揃っている。NEBが提供しているのだが、それぞれの酵素を販売しているメーカー一覧も調べられ、そのなかに日本人にはなくてはならないTakaraも含まれていたりする。たいへんありがたいサイト。

アミノ酸配列あるいはＤＮＡ塩基配列を入力すると、「アミノ酸配列はそのままで、その制限酵素切断部位を挿入出来る可能性のある位置」
を教えてくれる。カセット変異を行う時に有効。

■PCR primer作成支援