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遺伝子解析ツール集：アラインメント
■アラインメントソフトウェア |
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| ClustalW
★ DDBJ GenomeNET CSC, download可 |
EMBLによって開発されたもっとも標準的なマルチアラインメントツール。蛋白質、DNAともに可能。近接結合法Neighbor-Joining法(NJ法)を使った系統樹の作成も可能。 |
| T-Coffee |
蛋白質、DNAのマルチアラインメントツール。相同性が30%以下の場合にClustalWより精度の高いアラインメントが出来る。 |
| Dialign | 蛋白質、DNAのマルチアラインメントツール。各アラインメントソフトの性能を評価するBaliBaseでは最も高い評価を受けた。 |
| Match-Box | 蛋白質のマルチアラインメントツール。 |
| MSA |
蛋白質のマルチアラインメントツール。配列本数８本まで、配列の長さ500残基までという制限がある。 |
| MAP |
蛋白質、DNAのマルチアラインメントツール。大きなギャップがある場合に有効。 |
| MultiAlign | 蛋白質、DNAのマルチアラインメントツール。 |
| YEBIS
for DNA alingment |
DNAのマルチアラインメントツール。累進法と反復改善法を組み合わせた手法を用いていますので、多少計算時間はかかるが、ClustalWなどの累進法のみを使用しているプログラムよりも精度のいいアラインメントが出来る。 |
| Parallel PRRN | 蛋白質、DNAのマルチアラインメントツール。 |
| BLAST2sequence ★ | 2つのアミノ酸、DNA配列のアラインメントを作るツール。 |
| LFastaDNA | 2つのDNA配列のアラインメントを作るツール。 |
| SIM | 2つのアミノ酸配列のアラインメントを作るツール。 |
| USC alignment server | 2つのアミノ酸、DNA配列のアラインメントを作るツール。 |
| Align | 2つのアミノ酸、DNA配列のアラインメントを作るツール。 |
| SIM4 | cDNA配列とgenome配列をアラインさせるツール。 |
■アラインメントエディター |
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| Boxshade ★ | ClustalWなどで得たアラインメントを整形し、論文などに載せられるように出力するためのツール。 |
| ESPript |
ClustalWなどで得たアラインメントを整形し整形してPDF出力してくれる。さらに、PDBやDSSPなどの二次構造のファイルを入力すると、それらを重ね合わせた図を作ってくれる。ダウンロードまたはweb上で使用可能。 |
| AMAS | ClustalWなどで得たアラインメントを整形し、Postscriptとして出力するためのツール。 |
| JavaShade | ClustalWなどで得たアラインメントを整形し、Postscriptとして出力するためのツール。Javaで書かれている。 |
| CINEMA | 複数のシークエンスを取り込んでマルチプルアラインメントを手作業で整形するためのjavaプログラム。 |
■アラインメント・系統樹作成のためのチュートリアル |
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| Hiroyuki Itoh's Homepage ★ | Beginner's Guide、生物物理バイオインフォマティクス講習会などがあり、ClustalWやPSI-BLASTについての詳しい解説がある。 |
| 分子系統樹の作成 | 分子系統樹作成のためのチュートリアル。分子系統樹の知識が全くない人向けの解説のページもある。京大大学院理学研究科DNA情報学講座提供。 |
| 遺伝子系統樹構築法概要 | UNIXまたはMac上で動くUNIXエミュレータMacTenにClastalWとMolphyをインストールして、遺伝子系統樹を作成する方法についてのガイド。 |
| 系統樹の描き方 | ClustalWと TreeViewPPCを使って、系統樹を作る方法。 |
更新記録
●2001年12月25日：新規掲載
★印はおすすめサイトです。これ以外にも有用なサイトがあれば、お知らせ下さい。
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