遺伝子解析ツール集：ホモロジーサーチ

■ホモロジーサーチ

他の方法に比べて桁違いに高速であるBLAST法はホモロジー検索の方法としては最近もっともよく利用されている。以前はギャップを考慮しなかったためアミノ酸配列のホモロジー検索ではFASTAを使う人も多かったが、1997年よりギャップを考慮するようになった。NCBIで提供されているBLASTには、

• Nucleotid BLAST（標準的なblastn、巨大な配列の場合に用いるMEGABLAST、短い配列に適したパラメーターがセットされたもの）
• Protein BLAST（標準的なblastp、弱い類似性の検索を高感度に行えるPSI- and PHI-BLAST、短い配列に適したパラメーターがセットされたもの）
• Translated BLAST Searches（自動的にアミノ酸に翻訳してホモロジー検索を行う。blanstx、tblastn、tblastxがある。）
• Search for conserbed domains（アミノ酸ドメイン配列があるかどうかを検索）
• Pairwise BLAST（２本の配列間のアラインメント）
• Genomic BLAST（ゲノムプロジェクトが完了している生物種に対する個別の検索）
• Specialized BLAST pages（ベクター配列のコンタミを検出するVecScreen、Immunoglobulin配列に特化したIgBLAST）
• Retrieve results for an existing Request ID

がある。BLASTサービスはNCBI以外にも多くのサーバーで提供されているが、使い勝手はNCBIが群を抜いている。また、データーベースの新しさとBLASTのバージョンは微妙に違う場合もあるので注意が必要。大量の検索を行う場合には、公共のサーバーに負担をかけないように、ローカルのBLAST環境を構築するのがマナーのようです。