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遺伝子解析ツール集 ：データベース
■核酸配列データベース |
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| Genbank（NCBI） ★ | Genbank、EMBL、DDBJでは毎日データを交換している。NCBIのEntrezからアクセスするのが便利。いずれも配列には重複がある。 |
| DDBJ（日本DNAデータバンク） | |
| EMBL（EBI） | |
| Unigene ★ | NCBIが提供する配列データの重複をなくした核酸配列データベース |
| TIGR Gene Indeces | The Institute of Genomic Researchが提供する配列データの重複をなくした核酸配列データベース |
■アミノ酸配列データベース |
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| Entrez protein ★ | Genbank/EMBL/DDBJの核酸配列を翻訳したものに、SWISS-PROT,PIR, PRFのデータベース情報を追加したもの。 |
| SWISS-PROT + TrEMBL ★ | SWISS-PROTはアノテーションがもっとも詳しいが、更新速度が遅い。それを補足するためにアノテーションが不十分なTrEMBLも一緒に検索できる。 |
| PIR | SWISS-PROTよりはアノテーションの精度は劣るが、更新が速く、データが多い。 |
| PRF/SEQDB | 文献から地道にアミノ酸配列を収集したもの。 |
■統合型データベース |
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| Entrez ★ | 米国のNCBIで構築している統合データベース。塩基配列、アミノ酸配列、立体構造、文献情報などが参照できる。 |
| DBGET/LinkDB | Genome Netの提供する統合型データベース。塩基配列(DDBJ, GenBank, EMBL)やアミノ酸配列(SwissProt, PIR, PRF)情報を始めとして、マップ、タンパク質の立体構造、配列モチーフ、文献、パスウエイマップ等の種々のデータベースが統合的に参照できる（データベース一覧） 。 |
| LocusLink ★ |
遺伝子座統合データベース。ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、ヒト、マウス、ラット。 |
■ゲノム関連データベース |
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| HGREP | ヒトゲノムに関する総合的なデータベース。HGREPは理研と東大医科研の共同プロジェクト。 |
| Ensembl |
EMBL-European Bioinformatics InstituteとSanger Centreが共同で運営するゲノムデータ解析サイト。ドラフト配列から自動的に遺伝子の予測・マーカーの位置・反復配列の位置などの注釈（annotation）を加えて公開している。ヒトおよびマウス。 |
| Genomic Biology | NCBIの提供するゲノムに関する総合的なデータベース（ヒトをはじめ、マウス、ラットなど７種）。 |
| Genome Browser | UC Santa Cruzの提供するヒトゲノムに関する総合的なデータベース。 |
| The
Genome Database |
ヒトゲノム統合型データベース。Johns Hopkins大学で構築してきた遺伝子地図のデータベース。現在、The Hospital for Sick Children, Torontoで維持されている。 |
| Howdy |
ヒトゲノム統合型データベース。科学技術振興事業団(JST)がすすめるALIS(Advanced Lifescience Information System)プロジェクトの成果を公開している。 |
| Mouse Genome Infomatics | Jackson Laboratoriesが提供するマウスに関する膨大なリソース。 |
■遺伝病に関するデータベース |
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| OMIM★ | Johns Hopkins大学 McKusick博士がライフワークで書いている『Mendelian Inheritance in Man』のオンライン版。NCBIが提供しており、頻繁に更新されている。 ヒト遺伝子変異と遺伝病に関する代表的なデータベース。 |
| Human Gene Mutation Database | ヒト遺伝病関連遺伝子の突然変異を収集したデータベース。最新の情報を閲覧するにはCelera社との契約が必要になってしまった。 |
| MutationView | 慶應義塾大学医学部分子生物学教室が運営する疾患変異データ東郷データベース。使用には登録が必要。 |
■遺伝子発現データベース |
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| BODY MAP | ヒトとマウスの遺伝子発現データベース。組織や細胞のライブラリーにおける出現頻度を計算したもの。東大医科研。 |
| Gene Expression Database (GXD) | マウス遺伝子発現データベース。 |
| Kidney Development Database | 腎臓の発生段階における遺伝子発現のデータベース。 |
| Stanford Microarray Database | マイクロアレイの遺伝子発現データをデータベース化。 |
■その他のデータベース |
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| KEGG ★ |
生命システム情報統合データベース。完全にゲノムが決まった12種類の生物を含めて約20種類の生物種の代謝系や一部の制御系（シグナル伝達や細胞周期など）をまとめ、そこから様々な物質データベースや 酵素データベースを参照することができる。Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes。 |
更新記録
●2001年12月25日：新規掲載
★印はおすすめサイトです。これ以外にも有用なサイトがあれば、お知らせ下さい。
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