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遺伝子解析ツール集：総合情報・リンク集
■Bioinfomatics総合サイト |
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| NCBI ★ |
NCBI（The National Center for Biotechnology Information）は、NIHのNLM (National Library of Medicine）の中の組織。BLASTやEntrezを始め、NCBIのサイトだけで、たいていのものは処理できる。NCBI Tools for Bioinfomatics ResearchではNCBIが提供するツールがoverviewできる。 |
| EBI ★ |
European Bioinformatics Institute（EBI）はEMBLの中のBioinfomatics Center。 |
| DDBJ ★ | 日本DNAデータベースは国立遺伝学研究所（三島）にある。 |
| Genome Net ★ |
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターが提供するインターネットサービス。KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 、分子生物学データベース統合検索システムDBGET/LinkDB、各種配列解析ツールなどを提供している。 |
■他のBioinfomaticsサイト |
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| 理研ジーンバンク | BioInfo Bankでは、Homology Search、3Dinsight（生体分子の立体構造・性質・機能に関する統合データベース）などのツールを提供している。また、BioInfo Bank以外にもCell Bank, Plant Cell Bank, DNA Bankがある。理化学研究所筑波研究所提供。 |
| NIAS Databank | Homology Search、SRSなどを提供している。農業生産資源研究所の提供。 |
| Alis |
ヒトゲノムデータベースHowdy、Genome Database、DNAマルチアラインメント、YEBIS、ホモロジー検索などを提供している。科学技術振興事業団提供。 |
| PAPIA | 産業技術総合研究所生命情報科学研究センターが提供する並列タンパク質情報解析システム。TBIATなど他にはあまりない方法での蛋白質アラインメントや相同性検索などが可能。 |
| ExPASy ★ | 蛋白質データベースSWISS-PROT+TrEMBLやSWISS-2DPAGEを提供するとともに、ExPASy Proteomics Toolsでは多数の蛋白質解析ツールを提供している。The ExPASy (Expert Protein Analysis System) proteomics serverはSwiss Institute of Bioinformaticsが運営している。 |
| NPS@ |
PBIL（Pole Bio-Informatique Lyonnais）の提供する蛋白質解析ツール提供サイト。ホモロジーサーチ、モチーフ、ドメイン解析、アラインメント、２次構造予測など。Network Protein Sequence @nalysis。 |
| Prediction servers at CBS | 各種予測ツール提供サイト。Center for Biological Sequence Analysis at Technical University of Denmark |
| JaMBW | Javaで作られた核酸配列および蛋白質配列解析ツール集。 |
■メタサーチ |
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| BCM Search Launcher ★ |
核酸配列および蛋白質配列解析のメタサーチ。Baylor College of Medicine, Human Genome Sequencing Center提供。。一度、シークエンスを入力すれば、必要なデータベースを指定するだけで、様々なデータベース検索が出来る。対象データベースは、ホモロジーサーチ、モチーフサーチをはじめ非常に多い。マルチプルアラインメントもある。インターフェースも使いやすい。 |
| Prediction Protein ★ | アミノ酸配列解析サービスを提供するウェブサイト。内部のデータベースで処理をするPredictProtein（default、advanced、expert）とメタサーチのMETA PredictProteinがある。 |
| All-In-One Seq Analizer | 核酸配列および蛋白質配列解析のメタサーチ。１ページにコンパクトにまとまっている。U of Michiganの猪原氏提供。 |
| ProSAL |
アミノ酸配列解析のメタサーチ。Protein Sequence Analysis Launcher。SBNet（Structural Biology Network）、Swedish Foundation for Strategic Researchの提供。対象データベースは、ホモロジーサーチ、モチーフサーチを始め20を越える。 |
| Biology
Workbench 3.2 |
核酸配列および蛋白質配列解析のメタサーチ。メタサーチと呼ぶには申し訳ないほどたくさんの機能がある。独特のインターフェースなので、使いこなすにははじめは苦労するかも。San Diego Super Computer Center提供。無料だが登録必要。 |
| SRS | 分子生物学全般にわたるメタサーチ。 SRS(Sequence Retrieval System)。EMBL提供。 |
■Bioinfomaticsのリンク集 |
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| Amo's WWW links page | 各種データベースの網羅的リンク集。ExPASy提供。 |
| CMS Molecular Biology Resources ★ | 分子生物学に有用なサイトのリンク集。UCSDのChristopher M. Smith, PhD氏提供。 |
| Nucleic Acids Res 2001 29:1-10 |
Baxevanis AD氏によるMolecular Biology Databaseについてのレビュー。subscriptionの有無にかかわらず、こちらで取り上げたdatabaseの一覧を見ることが出来る。 |
| GenomeWeb | サイトはかなり網羅的であり、それぞれのサイトにも紹介文が付いている。プロテインファミリーデータベースのリンク集などもある。 |
| 遺伝子データベース、解析ツールのリンク集。科学技術振興事業団バイオンフォマティクス推進センター（BIRD）提供。 | |
| Pedro's BioMolecular Research Tools | 分子生物学関連のリンク集。非常に有名だが、最近は更新されていない。 |
| DNA & Protein Analysis Toolkit | 分子生物学研究に有用なツールサイトのリンク集。それぞれのサイトに簡単な解説が付いている。The Rockefeller University, Computing Services提供。 |
| DEAMBULUM | INFOGENの提供する分子生物学関連の膨大なデータベース・ツールリンク集。 |
| 遺伝子解析におけるネットワークの利用法 | リンク集というよりはチュートリアル。非常に詳しいが、情報がやや古くなってしまっている。 |
更新記録
●2001年12月25日：新規掲載
★印はおすすめサイトです。これ以外にも有用なサイトがあれば、お知らせ下さい。
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