研究に有用なソフトウェア-遺伝子解析ソフト

●Genentyx（ソフトウェア開発株式会社）Mac版、Win版あり。デモ版あり。

私はこのソフトを使っています。比較的使いやすいと思います。値段は30万円位です。デモ版がwebサイトにありますので、試してみてください。

●DNASIS Pro（日立ソフト）Win版のみ。

日本ではこのソフトを主に使っていました。以前は、Mac版とWindows版があったのですが、DNASIS ProとなってからはWindows版のみとなりました。Trial版が請求できます。

●Gene Construction Kit 2（Textco Inc）Mac版、Win版あり。デモ版あり。

plasmid cloningに特化したDNA解析ソフトのようです。Biotechnology Software Journal誌において、1999年のBest Plasmid Mapping Softwareに選ばれています。DartmouthのSさんご推薦。

●Gene Inspector（Textco Inc）Mac版のみ。デモ版あり。

総合シークエンス解析ソフトのようです。DartmouthのSさんご推薦。

●GCG Wisconsin Package（英語、日本語）

GCG Wisconsin Packageは上記のようなソフトのようにパソコンにインストールして使うソフトではなく、UNIXベースで使うソフトです。価格も年間100万円程度かかりますので、大学単位で購入することが多いです。ウィスコンシン配列解析パッケージは130以上のプログラムからなる配列解析用ソフトウェアであり、もともとはWisconsin大学で開発されたGCGソフトウェアから発展したものです。まさに総合遺伝子解析ソフトというべきもので、核酸・アミノ酸配列の解析、地図作成、配列比較、配列並置、RNAの二次構造予測、DNAフラグメント 結合、プライマー設計、遺伝子探索、進化解析などの機能も提供しています。

●Sequence Assistant ver.1.5.3

分子生物学研究用遺伝子解析ソフト。塩基抽出、相補鎖への変換、アミノ酸への翻訳、制限酵素地図の作成、簡易ホモロジー検索、縮重記号を使った検索、塩基配列読み上げ、プライマーに適した配列の検索、プライマー配列の評価などが行えます。2000円のシェアウェア。

●DNADynamo

YASUさんおすすめの分子生物学研究用遺伝子解析ソフト。以下、推薦者のYASUさんのコメントです。

これまでに、ヨーロッパとアメリカ、あわせて6年間海外で研究生活を行ってきたのですが、いつも悩まされていたのが、Windows環境でのDNA、アミノ酸、シークエンスの解析ソフトでした。仕方なく、NEBCutterやEMBOSSなどのウェブサイトのサービスを利用して来ましたが、その面倒くささは、自分でも情けなくなるほどでした。先週、そのことを隣のラボのPIに愚痴っていたら、すごくいいプログラムを知っているから試してみたら、と言われて知ったのが、その恐るべきソフト、DNADynamoです。（www.bluetractorsoftware.co.uk/index.htmに行くと、無料のデモバージョンが手に入ります。）早速、デモモード（１MB程度のすごく軽いプログラム）を送ってもらって試してみたのですが、制限酵素マップ、アミノ酸配列、ORF、プライマーの表示など、とりあえず必要な機能はすべてOKでした。これまでに持っていたDNA Striderのfileがあけられるのはもちろんのこと、ABIのシークエンサーの生データまで開けられる上、いくつかのABIのシークエンスデータをalignしたり、というような、ちょっと高度な技もすべて完璧でした。自分はマニュアルに一度も目を通していないのですが、それでも、すべての技が簡単に実行できました。本当にお薦めです。Windows主流の研究所に入って、DNA解析ソフトがなくて泣いているポスドクは無数にいるので、是非紹介してみてあげてください。かなりの反響がくると思います。

Javaベースのソフトウェアなので、Windows上でもMac OS X上でも Java Runtime Environment (JRE) version 1.4.0以上がインストールされていれば使用可能です。