2006.01.23

「バイオ研究がぐんぐん進むコンピュータ活用ガイド」

「バイオ研究がぐんぐん進むコンピュータ活用ガイド」

著者:門川 俊明企画編集、税込価格:¥3,360、出版:羊土社、ISBN:489706922X、発行年月:2006.2【bk1】【amazon.co.jp】【目次

現在のバイオ研究ではあらゆる場面でコンピュータスキルが要求されます。バイオ研究でしか使わないようなソフトもたくさんあり、これらをマスターする必要があります。プレゼンテーションソフトにはどのようなものがあるか、文献管理ソフトにはどんなものがあるか、どんなソフトをマスターしなければならないのか、そういったバイオ研究に必要になるソフトを網羅的に紹介しているのがこの書籍です。昨年Keynoteのレビューを実験医学に書いたのをきっかけに、本書の編集のお手伝いをしてきて、ようやく上梓することができました。基本的には大学院生など、あらたにバイオ研究の世界に飛び込んできた若い研究者を対象とした本ですが、研究者のコンピューター通の方々の丸秘テクニックを満載していますので、中級者の方でも十分読みがいのある1冊になっていると思います。What's new!で時々紹介するコンピュータテクニックの話が便利と思って下さるような方にはきっとお気に入りの1冊になると思います。

コンピュータ関連の書籍は「研究者の書棚:コンピュータ関連本」をご覧下さい。

2005.11.12

skype

1年ぶりのアメリカ。

今回泊まったホテルは、アメリカのホテルによくあるタイプの、高速インターネット1日$9.95のiBAHNという会社のシステムでした。1回Webブラウザを立ち上げて、インターネット上のサイトにアクセスしようとすると、契約画面が現れて、Agreeすると、その後は、無制限でインターネットアクセスができるというタイプです。ちなみに、持ち込んだAirMac Expressをつなぐことで、簡単に無線LAN化に成功。これで、ベッドで寝そべりながら、webサーフィンができます。

さて、今回のチャレンジはSkypeを使ってみるということ。アメリカのホテルから日本へ電話すると、1回で2000円くらい取られてしまうので、これまでは、日本でKDDIのPhoneカードを買っていました。これだと1分間30円か40円くらいで何とか許容範囲です。でも、今なら、Skypeがあるじゃないですか、というわけで、今回はSkypeを試してみました。

SkypeはMac OSX版もあって、ダウンロードするだけですぐに使えます。固定電話への通話はスカイプOutであらかじめ使用権を購入しておきます。日本の固定電話は1分間2.66円ということなので、とりあえず最低の10ユーロ分購入しておけばよいでしょう。

PowerBookには内蔵マイクがついているので、ヘッドセットなしでもSkypeが使えるのですが、スピーカーに口を近づけてしゃべることになり、実用的ではありません。やはり、ヘッドセットは必要でしょう。PowerBookにはヘッドホン端子とマイク端子があるので、最も廉価なマイク入力端子・ヘッドホン端子に接続するタイプの製品が使えるように思えるのですが、実は、Macのマイク入力端子は、ライン入力端子のため、通常のマイクからの信号は信号レベルが小さすぎて、正常に働かないらしいのです。

そこで、選択肢としては3つあって、

  1. USBアダプタ(たとえば、アーベルHAMU02 USBオーディオ変換ケーブル【amazon.co.jp】)を購入し、マイク入力端子・ヘッドホン端子に接続するタイプのヘッドセットを使う。
  2. USB接続タイプのヘッドセット(たとえば、Plantronics DSP-500【amazon.co.jp】を使う。
  3. Blootooth接続タイプのヘッドセットを使う。

私としては、やはり、一番クールそうに見えるBlootoothタイプのヘッドセットが欲しい。というわけで、近くのRadioShackにいって、Plantronics M2500amazon.co.jpを59.99ドルでゲット。

Blootoothの接続にちょっと手間取るも何とか接続成功。ただ、一旦ヘッドセットの電源を切ると、Bluetoothの再設定が必要なのはどうにかならないものだろうか。この辺はかえって、USB接続タイプの方が楽なのかもしれません。

音はクリアでしたが、携帯電話あての通話では、ちょっととぎれとぎれになるような印象です。いずれにしても、今の時代、留学する人はSkypeが国際電話に取って代わるものになっているのでしょうね。

2005.02.15

PDF化の方法(Windows編)

PDF化の方法(Windows編)ですが、誰からも要望はありませんでしたが、PDF化の方法(Windows編)としてまとめておきました。

だいたいMac OSXと同じような内容なんですが、一応、Windowsでのキャプチャ画面を使ってみるなど努力してみました。あと、Windowsの場合、Acrobat以外のサードパーティーのPDFソフトがたくさんでていますので、紹介しておきました。

AdobeはPDFの普及を促進するため、PDFの仕様を公開しており、サードパーティーからPDF関連のソフトウェアも出ています。フリーウェアのものもあります。ただし、このようなソフトウェアはAcrobatに比べると価格が安い分、PDFが持つ様々な機能のうちの一部に特化することで低価格化を実現しているものもあり注意が必要です。

PDF再入門では、いくつかのフリーウェアやシェアウェアを比較して、どの程度「どのプラットフォームで見ても同じように見える」というPDFの特徴が実現されているかを検証していますので参考にしてみてください。

2005.02.06

PDF化の方法(Mac OS X編)その2

PDF化の方法(Mac OS X編)の後半部分です。

■PDF化の設定変更

PDFは見た目をできるだけ保存して、ファイルサイズを小さくするわけですが、用途に応じて、画像をできるだけ高画質にしておきたい、または、ファイルサイズをなるべく小さくしたいなど設定を変える必要があります。

PDF Makerを使うにしろ、印刷コマンドを使うにしろ、AcrobatでPDFを作るにせよ、PDF化の際の設定はAcrobat DistillerのAdobe PDF設定で決まります。したがって、設定をカスタマイズしたい場合は、Acrobat Distillerを開き、Adobe PDF設定を変更します。

設定の主なポイントは、最終的なファイルサイズをどのくらいにしたいか、フォントを埋め込むかどうか、画像の質をどの程度にするか、の3点です。他にもセキュリティに関するものなどがありますが、ここでは割愛します。

Acrobat 6.0には、あらかじめ、いくつかの設定が用意されています。主なものは「High Quality」「Press Quality」「Standard」「Smallest File Size」です。もちろん、これらの設定を使わずに、オリジナルの設定を作ることも可能です。標準の設定がどのようになっているか簡単にまとめておきます。

High Quality 高品質出力用のPDFファイルを作る設定です。カラー画像とグレースケール画像が300dpi、白黒画像が1200dpiでダウンサンプルされます。文書で使われているフォントのサブセットが埋め込まれます。
Press Quality イメージセッタやプレートセッタを使用しての高品質の印刷工程に対応するPDFファイルの設定で、ほぼHigh Qualityと同じ設定です。High Qualityとの違いは、ページの自動回転をしない点と、フォントの埋め込みができないときにジョブがキャンセルされることです。
Standard 文字を中心としたファイルの標準的な設定。画像は圧縮およびダウンサンプルによってファイルサイズが小さく抑えられますが、文書で使われているフォントのサブセットが埋め込まれます(標準の欧文フォントだけは埋め込まれません)。
Smallest File Size Web上で表示するための設定で、圧縮、ダウンサンプルが強くおこなわれ、画像の解像度は低くなります。フォントの埋め込みはおこなわれません。

PDFのバージョンとしては、いずれもPDF1.4で作成されます。PDFのバージョンを上げれば、それだけ小さなファイルが作れますが、互換性は犠牲になります。PDFは1.3で日本語や中国語、韓国語(ハングル)などの2バイト文字の埋め込みに対応したので、互換性を最大限考慮するなら、PDF 1.3で作成することになりますが、現行ではPDF1.4でも互換性は問題ないでしょう。

というわけで、論文投稿の場合、画像を含み高品位なPDFが必要なら「High Quality」、低品位なものでよければ「Standard」を使うことをおすすめします。

なお、実際に、論文が採用となり、より高い品質の写真の提供を求められた場合には、PDF化したものではなく、高解像度のJPGやEPSの写真を送る必要がある場合もあります。この場合は、Journalからの要求に従ってください。

■フォントの埋め込み

見た目が保持されたPDFを作るひとつのポイントはフォントの埋め込みにあります。見た目を保持するためには、使用しているフォントをすべて埋め込むのが原則です。ただし、フォントを埋め込むことはファイルサイズが大きくなりますので、できるかぎりファイルサイズを小さくしたいという場合には、フォントを埋め込まないようにします。フォントを埋め込みをしないで、レイアウトが大きく崩れないPDFファイルを使うためには以下の限られたフォントセットを使うのがよいでしょう。

Windowsの場合:MS明朝、MSゴシック

Mac OS Xの場合:MS明朝、MSゴシック

Mac OS 9の場合 :細明朝、平成明朝、中ゴシック、平成角ゴシック

英字フォントはArial、Times、Times New Roman、Helvetica、Symbol

日本語のボールド、イタリック、ボールドイタリックは使わないようにします。また、ローマ数字や丸付け数字などの機種依存文字は使わないようにします。

海外の人に読んでもらう欧文のPDFでは、和文フォントは一切用いないようにします。理論的には、フォントを埋め込めば、和文フォントでもよいのですが、トラブルを起こさないためにも避けるようにします。特に、記号類は気をつけて下さい。和文フォントではなく、Symbolを使うようにします。

■論文投稿に際してのPDF化の手順(私の場合)

私の場合、論文の本文はWordで作成、表も本文のWordファイルに貼り付けています。Figureは、Excelで作ったグラフや、写真をPowerPointに貼り付けてレイアウトしています(書類サイズをA4の縦にしておきます)。

私が出すJournalはFigureなども含めてレビュー時にはsingle PDFにすることが求められることが多いので、single PDFにする場合のPDF化の方法を紹介します。現在使用しているのはAdobe Acrobat 6.0 Professionalです。

まず、本文のWordファイルをPDF Makerボタンを使ってPDF化します。次に、FigureのPowerPointファイルもPDF Makerボタンを使ってPDF化します。PDF化に際して、Distillerの設定は、High Qualityにしています。あまりにファイルサイズが大きくなるなら、Distillerの設定を変更してもいいでしょう。

次に、Acrobatを開いて、ファイル→PDFの作成→複数ファイルコマンドを使って、2つのPDFファイルを結合するか、もしくは、本文のPDFファイルをAcrobatで開けておいて、文書→ページ→挿入コマンドを使って、FigureのPDFを本文の後に追加します。Figureを横長で作った場合には、文書→ページ→回転コマンドで紙の方向を本文とあわせておきます。

以上で投稿用のsingle PDFファイルが出来上がります。

2005.02.03

PDF化の方法(Mac OS X編)その1

現在、医学生物学系の雑誌はレビュープロセスを短くするために、オンラインによる投稿が主流になっています。投稿する論文はPDF化することを要求している論文が大半です。慣れればたいしたものではないものの、PDF化の方法に不安を持っている方も多いでしょう。また、「どのプラットフォームで見ても、同じように見える」というのがPDFの特徴とされていますが、実は、「どのプラットフォームで見ても同じように見える」ことを実現することは簡単ではありません。今回、自分なりにPDF化の方法をまとめてみましたので、紹介します。

今日はPDF化の方法を紹介して、明日は設定のカスタマイズについて紹介します。ちなみに、プラットフォームはMac OS Xです。Windows編も作って欲しいというご要望があれば、Windows編も書きます。

■PDF化のために必要なソフトウェア

PDFを見るためソフトウェア(Adobe Reader)は無料で配布されていますが、PDFを作成するには、Adobe Acrobatが必要であり、Acrobatは有償のソフトウェアです。AdobeはPDFの仕様を公開していますので、サードパーティからもPDF作成ソフトがいくつか販売されていますし、Mac OS Xの場合にはAcrobatを使わないで、PDF化する方法もあります。ただ、いずれにしても、機能的にはAcrobatがもっとも豊富で、PDFによるオンライン投稿が主流になった現状では、Acrobatは是非とも持っておきたいソフトウェアといえます。

AcrobatにはProfessionalとStandardの2種類があり、Professional版には電子フォーム(ユーザが入力したデータをメール/Web経由で送信する機能)やPDFの最適化などといった高度な機能も用意されていますが、論文投稿という観点からすれば、Standardでも機能的には十分だと思います。

■PDF化の5つの方法

Mac OS X上でPDF化する場合には大きく分けて5つの方法があります。

  • PDF Makerを使う(Microsoft Officeアプリケーションで作ったファイルのみ)
  • 印刷コマンドを使う(すべてのアプリケーションで使用可能)
  • Acrobat上でPDF化したいファイルを指定する(すべてのアプリケーションで使用可能)
  • PDFへの書き出し機能を使う(Illustratorなどの他のAdobe製品で作ったファイルのみ。Acrobat不要。)
  • OS XのPDFファイルとして保存の機能を使う(すべてのアプリケーションで使用可能。Acrobat不要。)

以下、順番に方法を紹介します。なお、この記事では、私が使用しているAdobe Acrobat 6.0 Professionalを元に書いてあります。Acrobatのバージョンによってかなり異なりますので注意してください。Acrobat 7.0の場合については、近々、追加します。

■PDF Makerを使う方法

Microsoft Officeアプリケーション(Word、Excel、PowerPoint)で作ったファイルをPDF化するときには、PDF Makerを使うと便利です。Acrobatをインストールすると自動的に、右図のようなPDF Makerのツールバーが各Officeアプリケーションにインストールされます。このボタンはワンクリックでPDF化するためのボタンです。

実際にPDF化をおこなう際には、PDF化したいファイルを開き、PDF Makerツールバーの「Adobe PDFに変換」のボタンをクリックするだけです。保存したい名前を適当につければ、自動的にPDF化がおこなわれます。

PDF化の際の設定を変更したい場合には、DistillerのAdobe PDF設定を使って、設定を変更します(後述)。

■印刷コマンドを使う方法

Microsoft Officeアプリケーション(Word、Excel、PowerPoint)以外のアプリケーションの場合、PDF Makerがインストールされないので、印刷コマンドを使ってPDF化をおこないます。もちろん、Microsoft Officeアプリケーションで作ったファイルもこの方法でPDF化可能です(ただし、PDF Makerの方がしおりやリンク機能も保持するという利点があるので、 Microsoft Officeアプリケーションの場合はPDF Makerを使った方がよい)。

「ファイル」メニューから「プリント」を選びます。「プリンタ:」から「Adobe PDF」を選び、[プリント」ボタンを押し、保存したい名前を適当につければ、PDF化がおこなわれます。

PDF化の際の設定を変更したい場合には、「PDFオプション」から「Adobe PDF設定」を変更します。

より、細かな設定を変更する場合には、DistillerのAdobe PDF設定を使って設定を変更します(後述)。

なお、私の場合、Adobe PDFプリンタが見えなくなっていたので、Acrobatを入れ直したり、6.0.2までアップデートをかけたりしましたが、それでもだめだったので、以下のサイトの説明通りにやって何とかなりました。

Adobe PDF プリンタが作成されない(Mac OS X 10.3)http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?223534+002

■Acrobat上でPDF化したいファイルを指定する方法

上記の「印刷コマンドを使う方法」と基本的には同じ事なのですが、Acrobat側から、PDF化したいファイルを指定してPDF化することも可能です。PDF化したいファイルをAcrobatのアイコンに重ねることでも変換可能です。ただし、私の環境ではうまくいかないことが多いので、もっぱら「印刷コマンドを使う方法」でやっています。

設定を変更する場合には、DistillerのAdobe PDF設定を使って設定を変更します(後述)。

■Adobe製品のPDFへの書き出し機能を使う方法

Adobe製品のIllustrator、Photoshop、InDesignなどには「データ書き出し」「別名で保存」などの形で、PDFへの書き出し機能がついています。これらの機能を使えば、AcrobatなしでPDF化が可能です。

■OS XのPDFファイルとして保存の機能を使う方法(Acrobatを使わない方法)

Mac OSXではグラフィックの描画をPDFでおこなっています。したがって、Acrobatなしでも、OSXに備わった基本機能で、Wordファイルを含め、どんなソフトウェアで作ったファイルでもPDF化することができます。手順は、「プリント」を選び、プリントダイアログにある「PDFとして保存...」ボタンを押して、ファイル名をつけるだけです。

ただし、この方法では、Acrobatで可能な様々な設定の変更はできません。画像の質やファイルサイズを自分でコントロールしたい場合には、やはりAcrobatが必要になります。現行バージョンのMac OS X(10.3、Panther)が対応するPDFはバージョン1.3ベースですので、PDF 1.3のPDFファイルができます。

2004.10.01

イラストレーターの豆知識

自分のメモもかねてIllustratorのテクニックをいくつかまとめて、「イラストレーターの豆知識」というページを作ってみました。その中から「Illustratorで作ったアートワークをPowerPointに貼り付けるときに背景が白くなるのを避ける方法」を紹介してみます。

右のようなアートワークをIllustratorで作って、JPEG形式で保存して、PowerPointに貼り付けると、背景が白くなってしまい、背景が白でないPowerPointスライドに貼り付けると、違和感のある図になってしまいます。

Illustrator CSには新しく「Microsoft Office用に保存...」という機能がついています。「Microsoft Office用に保存...」ではアートワークを150ppiのPNG形式で書き出します。ただし、この書き出しには問題があって、「Microsoft Office用に保存...」で保存すると、透明部分は白くなってしまい、上記の問題は回避されません。

透明を含むアートワークをPowerPointに貼り付ける場合には、「Microsoft Office用に保存...」を使わずに、「ファイル→データ書き出し...」を使い、PNG形式で書き出します。PNGオプションで、解像度を「標準(150ppi)」、背景を「カラー:透明」にします。こうすれば、Illustratorで作った透明を含むアートワークを透明を保ったまま、PowerPointに貼り付けることができます。

ただし、Mac OS XでPowerPoint Xを使っている場合は、PowerPoint X側の問題で、透明を含むPNGファイルが正しく表示されない(ドロップシャドウが粗くなるなど)という不具合があります。背景に透明を使わずに、背景の色をPowerPointのスライドの背景色と同じにして書き出すとよいでしょう。フルカラーではなくなってしまいますが、「web形式で保存」からGIF形式を選ぶという手もあります。最新版のPowerPoint 2004では問題ないようなので、アップグレードするのも手です。Windows版のPowerPointではこの不具合はないようです。

私一押しのIllustrator本がCSに対応しました。秋の学会シーズン、1枚刷りのポスターに挑戦される方は是非ご一読下さい。

「Illustrator CSの仕事術 基本/ビジネスグラフィック編」

著者:高橋正之〔ほか〕著、税込価格:¥ 3,045(本体:¥ 2,900)、出版:毎日コミュニケーションズ、ISBN:4839914214、発行年月:2004.08【bk1】【amazon.co.jp】【目次】

この本は絶対におすすめです。Illustratorをさわるのが全く初めてという人向けの本ではありませんが、一通りIllustratorの機能を触れた人が、Illustrator使いになるために必要なことがほとんどすべて書いてあります。ポスター1枚刷りをIllustratorで作る人は絶対に買って下さい。CS対応になってほとんど書き直しているというのもすごいです。


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