2007.07.27

立花隆の「私の読書日記」

週刊文春は2回に1回は買って読む、比較的好きな週刊誌。週刊文春には、私の読書日記というコーナーがあって、立花隆、鹿島茂、池澤夏樹、山崎努、酒井順子が交代で書評を紹介しています。立花隆氏の推薦本は、私のツボに入ることも多く、参考にさせていただいています。ちなみに、最新の回で紹介しているのは以下の3冊。どれも、読んでみたくなる本が並んでいます。

「ファーストマン(上)」

著者:James R. Hansen、日暮 雅通、水谷 淳、出版社:ソフトバンククリエイティブ(2007/05/29)、ASIN:4797336668、価格:¥ 2,499(税込) 【amazon.co.jp】【bk1

アポロ11号で人類最初の月着陸者となった宇宙飛行士、ニール・アームストロングの伝記。徹底的なマスコミ嫌いで、本書は、本人の全面的協力を得た決定版的伝記。


「ファーストマン(下)」

著者:James R. Hansen、日暮 雅通、水谷 淳、出版社:ソフトバンククリエイティブ(2007/05/29)、ASIN:4797336676、価格:¥ 2,499(税込) 【amazon.co.jp】【bk1

上記の下巻。


「マングローブ―テロリストに乗っ取られたJR東日本の真実」

著者:西岡 研介、出版社:講談社(2007/06/19)、ASIN:4062140047、価格:¥ 1,680(税込) 【amazon.co.jp】【bk1

徹底的な取材で田中角栄を追い詰めた立花隆氏も感心する、JR東日本の労組問題のルポタージュ。


「神は妄想である―宗教との決別」

著者:リチャード・ドーキンス、垂水 雄二、出版社:早川書房(2007/05)、ASIN:4152088265、価格:¥ 2,625(税込) 【amazon.co.jp】【bk1

利己的な遺伝子」で有名な有神論者を批判する本。


2007.07.26

BioTechnicalフォーラムをリニューアルしました

最近、研究留学ネットの人気コーナーとなったBioTechnicalフォーラム。

しかし、人気が出すぎ、アクセスが増えすぎたせいで、借りているサーバーにかなり負担をかけることとなり、503エラーが頻発するようになっていました。研究留学ネットのサイトをおいているのは、さくらインターネット というサーバー屋さん。値段も安く、自由度も高いということもあってとても気に入っているのですが、自由度が高いということで、結構ヘビーサイトが集まるということもあり、サーバーに一定の負荷がかかるようになると503エラーの出る閾値をさげるような仕組みにになっているそうで、ここ1ヶ月は、おそらく、エラーが頻発するという経験をされ、読者の方々にはご迷惑をかけていたことと思います。

対策としては、BioTechnicalフォーラムの負荷を減らすしかありませんが、これまでの書き込みもとても捨てるにはもったいない貴重なものです。そこで、以下のような方法でBioTechnicalフォーラムの運営をおこなうことにしました。

これまでのBioTechnical フォーラムと同じ形で、新BioTechnicalフォーラムをたて、今後はこちらを使っていただきます。旧BioTechnicalフォーラムは書き込みは出来ないものの、これまで通り読むことは出来る形で残しておきます。すでに新しいトピックをたてることは新フォーラムでしか行えませんが、古いフォーラムのレスは7月いっぱいは可能にしておき、その後、書き込み出来ないようにいたします。

今後とも、BioTechnicalフォーラムをご愛用下さい。

2007.07.12

ファイルメーカーを用いたデータの照合作業

7月8日の記事「Microsoft Accessを用いたデータの照合作業」を公開したら、コンピュータフォーラムで、「access使わなくても、ファイルメーカーでできる」「Mac使いにあるまじき」とご指摘を受けました。

すいません。ファイルメーカーでもできましたので、お詫びをかねて、ファイルメーカーで同じ作業をするための手順を書き留めておきます。

さて、もう一度確認しますが、今回おこなう作業はマイクロアレイの2つのエクセルファイルをgene_IDを目安に一つのテーブルにまとめ上げるという作業です。エクセルファイル1には、gene_IDごとにシグナル値などのデータがまとめてあり、エクセルファイル2には、各gene_IDに対応する遺伝子情報がまとめてあります。

まず、エクセルファイル1をファイルメーカーのアイコンに重ねて、ファイルメーカーで開きます。

次に、エクセルファイル2から、gene_IDを照合しながら、遺伝子情報をエクセルファイル2に書き込みます。そのためには、「ファイル」>「レコードの取り込み」からエクセルファイル2を指定します。そして、「フィールドデータの取り込み順」において「現在の対象レコード内で一致するレコードを更新する」を選択肢、gene_ID同士を「照合フィールド」を指定してやるのがポイントです。ファイル1の方に、「遺伝子情報」のフィールドをあらかじめ作っておくか、「フィールドを定義」であらたにフィールドを作っておきます。これで「取り込み」を押せば、自動的に照合作業が進みます。

というわけで、Accessだと30000件の照合作業が1分以内に終わったのですが、ファイルメーカーの場合は数時間(たぶん8時間くらい)かかりました。私が使ったファイルメーカーのバージョンが5.5と古いのがいけないのかもしれません。

ということで、コンピュータフォーラムでご指摘頂いた方、ありがとうございました。

2007.07.08

Microsoft Accessを用いたデータの照合作業

Windowsコンピュータは、一応一台持っているのですが、この1年間全く起動していません。

今回、Microsoft Accessがどうしても必要になったため、おそるおそる起動させてみたのですが、調子が悪く、ディスプレイの解像度が低くなってしまっています。ちょっといじったところ、その他にもいろいろ不具合があり、それらを直す気力がありません。コンピュータというのもかわいがってあげなければ、ダメなわけです。

というわけで、Intel Macに導入しておいたParalles/Windows Vistaを使ってみました。

さて、今回、Accessでなければダメだった作業とはマイクロアレイの2つのエクセルファイルをgene_IDを目安に一つのテーブルにまとめ上げるという作業でした。

1つのファイルには、gene_IDごとにシグナル値などのデータがまとめてあるのですが、それぞれの遺伝子の詳細は含まれていません。一方、各gene_IDに対応する遺伝子情報をまとめた一覧ファイルがあるという状況でした。両者が、ともにgene_IDの並び順が同じで、途中抜けたりすることがなければ、コピーペーストでなんとか乗り切れるのですが、両者でgene_IDの並びがめちゃくちゃで、抜けている遺伝子も結構あるために、手作業で遺伝子情報をコピーペーストをするのは気が遠くなるような作業でした。

以前タカラバイオが出している小冊子に、こんなときMicrosoft Accessを使うと一発であるというのを思い出して、Accessを使うことになったわけです。

基本的な捜査としては、シグナル値を含むエクセルファイル、gene_IDに対応するエクセルファイルをAccessにインポートしておきます(「外部データインポート」>「エクセルファイル」)。「作成その他」>「クエリデザイン」で新しいクエリデザインを作り、それぞれのデータベースを配置します。そして、それぞれのデータベース上で関連づけるgene_IDを結合させます。そして、必要なフィールドを追加していきます。最終的に、「デザイン結果」>「表示」で、結合したテーブルができあがります。30000件ほどのデータ照合でしたが、本当に驚くほど短時間(1分以内)で終わらせることが出来ました。Parallesで動かしても、まったく速度は問題ないです。あとは、エクセル形式で書き出して、Mac側に持って行けばおしまい。

なかなか参考になった記事ですが、幸いダウンロードで読めますので、試したい方はお読みになって下さい。

BIO VIEW基礎講座データファイルDownload_47

2007.07.07

DVDの紹介「ドリフ大爆笑 30周年記念傑作大全集 DVD-BOX」

「ドリフ大爆笑 30周年記念傑作大全集 DVD-BOX (通常版)」

ザ・ドリフターズ 、ポニーキャニオン(2007/07/07)、価格:¥ 8,232(税込)、ASIN:B000QJMARQ 【amazon.co.jp

ドリフ世代期待のDVD。こんなの予約して買うのは私くらいだろうと思っていたら、周りでも「俺も予約した」「私も予約した」という感じでかなりの大人気となっている模様。私もフィギュア付きの初回限定版(10000セット限定)を狙っていましたが早々と売れ切れてしまい、すでにかなりのプレミアがついていてあきらめました。

とりあえず、通常版を手に入れました。中身は『ドリフ大爆笑』の4760本から選りすぐりの約60本が3枚のDVDとして提供されているものです。320分はかなりのボリュームであり、ドリフを知らない子供も大笑い。頭の中に、「ド・ド・ドリフの大爆笑」のメロディがこだまします。


2007.07.05

classifiedが最近にぎわっています

classifiedが最近とともにぎわっています。6月後半から毎日classifiedの投稿があり、6月25日からは毎日1件ずつ紹介しています。一応、1日1件を紹介することになっているのですが、それでも処理できないで掲載に数日お待たせするようなケースもあります。

おそらく、NIHのグラントの発表があり、新しいグラントが当たったPIがポスドクを募集しているのだと思います。

ボスがどのような気持ちでポスドクを雇うのか、また、雇うときにはどのようなステップを踏むのか、ボスサイドから見た気持ちを理解していると、ポスドク捜しもかなり楽になると思います。そのために、お薦めの本は、「アット・ザ・ヘルム」です。留学先を探している人、すでに留学している人必読の本だと思います。

2007.07.01

2007年第2四半期に売れた本

2007年4月から6月までに研究留学ネットを通して、amazon.co.jpで購入された書籍でどんなものが売れたか集計してみました。もっとも売れた本ベスト20は以下の通りです。定番本(黒字のもの)は安定した人気があります。What's new!で新しく紹介した本(赤字のもの)が入っているという感じです。書籍の中に、唯一「Denim/竹内まりや」が食い込んでいます。

他にも多くの本を紹介していますので、「研究者の書棚」をご覧下さい。

  書名  
1 困った状況も切り抜ける医師・科学者の英会話 amazon.co.jp
2 切磋琢磨するアメリカの科学者たち amazon.co.jp
3 研究留学術 amazon.co.jp
4 理科系のための入門英語プレゼンテーション amazon.co.jp
5 相手の心を動かす英文手紙とe-mailの効果的な書き方 amazon.co.jp
5 国際学会のための科学英語絶対リスニング amazon.co.jp
7 デジタル文献整理術-最新 EndNote 活用ガイド amazon.co.jp
7 文献管理PCソリューション 第2版 amazon.co.jp
7 ライフサイエンス英語 類語使い分け辞典 amazon.co.jp
10 学会出席・研究留学のための理科系の英会話 改訂版(CD付) amazon.co.jp
10 アット・ザ・ヘルム amazon.co.jp
10 GraphPad Prismによる生物統計学入門 amazon.co.jp
10 Denim/竹内まりや amazon.co.jp
10 日本人研究者が間違えやすい英語科学論文の正しい書き方 amazon.co.jp
15 PowerPointのやさしい使い方から学会発表まで amazon.co.jp
15 アクセプトされる英語医学論文を書こう amazon.co.jp
15 ポスター発表はチャンスの宝庫 amazon.co.jp
15 医学・生物学研究者のための 絶対話せる英会話 amazon.co.jp
15 理科系のためのかならず書ける英語論文 amazon.co.jp
15 入門 医療統計学 amazon.co.jp

書籍以外では圧倒的にレーザーポインタが人気です。レーザーポインタ付きリモコンの紹介記事を読んで下さっている方が多いのだと思います。その中でもグリーンレーザーポインタのサシ-81が群を抜いて人気です。私も愛用していますが、唯一の欠点が電池の持ちが悪いこと。60分くらいのプレゼンを5回くらいやると電池がなくなります。でも、最近気づいたのですが、ケースの中に、単5電池を2つ入れるスペースがあるのです。これで、プレゼンの最中の電池切れも心配なくなりました。

  商品名  
1 KOKUYO レーザーポインタ IC-GREEN for PC サシ-81 amazon.co.jp
2 KOKUYO プレゼンテーションマウス EAM-ULW2 amazon.co.jp
3 KOKUYO プレゼンテーションマウス EAM-ULW1 amazon.co.jp
4 KOKUYO レーザーポインタ for PC サシ-51 amazon.co.jp

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