2006.03.31

MacBook Proを1ヶ月使ってみて

MacBook Proを1ヶ月使ってみた感想を。

ファーストインプレッションではちょっと強がっては見たものの、いろいろ使ってみると、やっぱり、いろいろ困ったことも出てきたりしています。早急に何とかして欲しいものリスト。

  • Air-Edgeのドライバーを出して欲しい。
  • Fuji Xeroxのポストスクリプトのドライバが早く出て欲しい。
  • Adobe Creative SuiteをUB化して欲しい。これはすぐにとはいかないのでしょうけれど。Photoshopの速度低下ははじめ感じていたより深刻かもしれません。
  • JMPのパッチが出て欲しい。

Safariはスピード面では圧倒的に早くなったのはマル。起動もスタートアップ画面がほとんど見えないほど早い。EG-Bridgeに出会えたのはマル。今度出たegbridge Universalかなりよいです。しばらく手に入らなかった2つめのACアダプターも予備のバッテリも手に入りました。

2006年3月末時点でのIntel Macへのソフトの対応状況をまとめておきます。

対応している(Universary Binary化されている)ソフト

対応している(Universary Binary化されておらずRosetta上で動く)ソフト

  • Office Mac 2004 [アナウンス] (次回メジャーアップグレードでUB化):私が使っている範囲でも動作が遅くなったという印象はありません。ただ、初回の起動時に少し時間がかかるのと、数日に1回くらい落ちます。
  • Adobe Creative Suite 2 (Version Cueは除く)[アナウンス](次回メジャーアップグレードでUB化):PhotoshopはRosetta上ではスピードが70%程度まで低下すると言われています。
  • Adobe Studio 8 [アナウンス] (次回メジャーアップグレードでUB化):Rosetta上で問題なく動く。Dreamweaverはかえって軽快になったような印象。
  • FileMaker Pro 8 [アナウンス] (次回メジャーアップグレードでUB化)
  • FileMaker Pro 8 Advanced [アナウンス] (次回メジャーアップグレードでUB化)
  • Firefox1.5 [アナウンス] (3月下旬にUB化)
  • Endnote 9 [アナウンス] Rosettaで問題なく動くことが確認されました。
  • Prism [アナウンス] Rosetta上で問題なく動く。次期バージョンでUB化
  • Snapz Pro 2
  • Palm Desktop

対応していないソフト

  • ATOK [アナウンス]
  • Virtual PC [アナウンス]
  • Windowshade X [アナウンス]
  • LiFE with PhotoCinemaで作成されたFlashがIntel MacのSafariでみられない [アナウンス]
  • ID for WebLiFEで作成されたFlashがIntel MacのSafariでみられない [アナウンス]
  • Adobe Version Cue [アナウンス]
  • Freehand MX 対応はアナウンスされていませんが、Mac Fanの記事によると、かなり動作がもたつき実用レベルにはないようです。
  • Final Cut Express [アナウンス]
  • Final Cut Studio [アナウンス]
  • JMP [アナウンス] Rosetta上では複数の不具合がある。近々対応パッチが出される予定。

対応しているかどうかわからないがとりあえずRosetta上で動いているソフト

  • internet explorer 5.23 :すでに配布は終了していますが、私が数日間使っているところでは問題なし。
  • Nikon View :私が使っているところでは問題なし。

Version TrackerがUniversal Application Resource Centerを開設して、UB化されたソフトを紹介しています。

プリンタドライバー:今回はCanon 、Epson、Brotherの対応はかなり早いです。最新機種のほとんどがいち早くIntel Macへの対応を果たしました。CanonのPIXUS MP500はIntel Mac対応のドライバーがダウンロードでき、問題なく使えています。BrotherのHL-5070DNはUB化されたドライバーがダウンロードでき、問題なく使えています。hpはうんともすんとも言っていませんが、とりあえず、私が使っているPhotosmart 2710はスキャナー機能は使えませんが、印刷はOKです。Fuji xeroxのpost scriptプリンタは「標準的なPost Scriptプリンタ」用のドライバがOSの中に含まれているので、とりあえず印刷はOKなのですが、専用のドライバーはもう少し時間がかかりそうで、両面印刷などの、専用ドライバー固有の機能は使えません。

その他

  • Willcom Data Cardすべて [アナウンス] :PCカードタイプのものはPCカードが廃止になったのでしょうがないのですが、私が使っているUSBタイプのものもバツというのはかなり困ります。Apple Medical のページを見ると、WX310K(京ポン2)をUSBケーブルまたはBloothThothを使って接続というのは大丈夫のようです。
  • スクリーンセーバーは動くものと動かないものがあります。私お気に入りのNew York City Screensaver20世紀ボヤージは大丈夫です。

あと、PowerBook G4 15inch用のカバンはMacBook Pro(幅が少し広くなった)が入らないことが多いのでご注意を。

 

「MacBook Proパーフェクトガイド」

著者:、税込価格:¥1,550、出版:アスキー、ISBN:4756147410、発行年月:2006.4【bk1】【amazon.co.jp

MacBook Pro初のMOOK本です。


2006.03.30

研究に有用なソフトウェア -文献管理ソフト

現在、研究に有用なソフトウェアを大幅改訂中。今日は文献管理ソフトをまとめてみました。

ソフト Platform コメント
Endnote
ユサコ
Win, Mac 文献管理ソフトの代表的ソフト。詳しくは、下記の解説を参考に。¥52,290、¥20,790(S)
GetARef
大学生協
Win 値段がお手頃なこともあり、最近、人気が出てきている文献管理ソフト。大学生協によって日本語化もされています。詳しくは、下記の解説を参考に。¥20,790(A)、¥13,440(S)
iPapers Mac iTunes ライクなインターフェイスで文献PDF ファイルを管理するためのソフト。詳しくは、下記の解説を参考に。フリーウェア。
RefWorks
サンメディア
webベース webベースの文献管理ソフト。サンメディアによって日本語化もされています。詳しくは、下記の解説を参考に。個人契約だと年間13,000円
WriteNote
ユサコ
webベース RefWorksと同様のwebベースの文献管理ソフト。サイトライセンス制。
ProCite
Win, Mac アメリカでは結構メジャーだが、日本ではあまり見かけない。$299.95, $109.95(S)
Reference Manager
ディジタルマネージメント
Win アメリカでは結構メジャーだが、日本ではあまり見かけない¥59,850, $299.95, $109.95(S)
Bookends Mac Mac用の比較的安価な文献管理ソフトとして意外と人気あり。$99, $69(S)
Sente Mac Mac用の比較的安価な文献管理ソフトとして意外と人気あり。アップルMedicalでも紹介。$99.95, $49.95(S)
refEDITX Mac Mac OS Xで動くフリーウェア
RT2 Win, Mac ファイルメーカーをテンプレートとして作られた文献管理ソフト。ファイルメーカーのランタイム版になっているので、ファイルメーカーを持っていなくても使える。日本語。フリーウェア。
BibCompanion Mac BibTeXの文献データベースファイルを編集するためのソフト。PDFファイルへのリンクも可能。日本語。フリーウェア。
pArticles Mac iTunes ライクなインターフェイスで文献PDF ファイルを管理するためのソフト。フリーウェア
BibDesk Mac BibTeXの文献データベースファイルを編集するためのソフト。使用感。フリーウェア。
Ref for Windows Win Windowsで動く文献管理のフリーのソフト。日本語。
Bunso Win Windowsの文献管理ソフトのフリーウェアとして人気がありましたが、残念ながら開発中止となってしまいました。

※(A)はアカデミック版価格。(S)は学生版価格。

 

この中から、代表的なソフトを紹介します。

Endnote

定番の文献管理ソフトです。特に、論文を書くときのReference作成の際に威力を発揮します。私自身論文を書くのに欠かせないソフトです。Mac版、Win版があり、最新版はver.9。

日本での購入はユサコ株式会社を通して購入します。新規購入は¥52,290、学生版は¥20,790です。アメリカでは、初回購入が¥299.95(オンラインダウンロードであれば、$239.95)、学生版が¥109.95、アップグレードは$99.95、オンラインダウンロードによるアップグレードなら$89.95です。中身は英語版そのものですが、残念ながら日本からはダウンロード版を購入できず、割高になってしまいます。

Endnote関連本は「研究者の書棚」>「コンピュータ関連本」をご覧下さい。

Endnoteを使用したソリューションについては「研究者のためのコンピュータ情報」>「電子リソース、文献管理」をご覧下さい。

 

GetARef

getarefEndnoteに近い機能を持ったソフトで、「文献管理データベース」と「参考文献リスト作成機能」を併せ持った論文作成支援ソフトウエアです。スウェーデン生まれのソフトですが、大学生協が日本語化して、販売しています。医中誌などの日本語のデータも問題なく扱えます。Windowsのみです。アカデミック版は20,790円、学生版は13,440円で、Endnoteに比べて、かなり割安になっています。

GetARefの関連本はありませんが、「研究者のための文献管理PCソリューション」に1章かけて詳しく操作方法が解説してあります。

 

iPapers

iPapersiPapersにはReferenceを書き出す機能はありません。インターネットでダウンロードした文献PDFファイルをiTunesによく似たインターフェースでデータベース化して整理することに特化したソフトです。一度使ったら手放せないソフトです。Mac OSX 専用のフリーソフトです。

 

Refworks

refworksRefWorksは簡単に言うとEndnoteのオンライン版です。ユーザーが集めた文献情報は米国にあるRefWorksサーバー上に蓄積されます。そして、フォーマットしたいWordファイル(文献引用箇所には{{23}}という形でマーキングしておく)を指定すると、目的のJournalスタイルに合わせて引用文献が書き込まれたWordファイルをはき出してくれます。基本的にはEndnoteとワークフローは同じです。WEBベースの文献情報管理ツールってどういうしくみなんだろうと思っていましたが、当初予想していたよりよくできていました。個人契約だと年間13,000円。所属大学が契約していれば、無料で利用できます。

Endnoteと比較した場合、オンラインゆえ手順が多くなったり、変更が直ちに反映されなかったり、オンラインのレスポンスがいまいちだったりといった具合に、使いごこちにはEndnoteに軍配が上がります。したがって、私が今すぐEndnoteからRefWorksに乗り換えることはないのですが、RefWorksのいくつかのアドバンテージは見逃せないものです。一つは、WEBベースのアプリケーションで、ソフトも継続的にアップデートされているため、ソフトがうまく使えないということがないということ。Endnoteの場合、不具合が結構多く、特に、Wordがアップデートされると、急にEndnoteが使えなくなるということがこれまでにも何回も起こりましたが、こういった現象は基本的にはないという安心感があります。もう一つは、日本語が問題なく使えると言うことです。Endnoteも最新バージョンはユニコード化され日本語が使えるのですが、医中誌のデータは読み込めないなどの問題があります。しかし、RefWorksの場合、医中誌の読み込みも問題なく、PubMedと医中誌のデータが混在した引用文献リストも問題なく作れます。

2006.03.26

研究留学ネットで紹介して売れた本(2006年第1四半期)

2006年第1四半期に研究留学ネットを通して、amazon.co.jpで購入された書籍でどんなものが売れたか集計してみました。もっとも売れた本ベスト20は以下の通りです。書籍ではありませんが、リモコン付きレーザーポインタが3点ランクインしています。

他にも多くの本を紹介していますので、「研究者の書棚」をご覧下さい。ちなみに2005年1年間で売れた本のベスト20はこちらです。

  書名  
1 相手の心を動かす英文手紙とe‐mailの効果的な書き方 amazon.co.jp
2 研究留学術 amazon.co.jp
3 小さな小さなクローディン発見物語 amazon.co.jp
4 KOKUYO レーザーポインタ IC-GREEN for PC サシ-81 amazon.co.jp
5 切磋琢磨するアメリカの科学者たち amazon.co.jp
6 KOKUYO プレゼンテーションマウス EAM-ULW2 amazon.co.jp
7 理科系のための入門英語プレゼンテーション amazon.co.jp
8 日本人研究者が間違えやすい英語科学論文の正しい書き方 amazon.co.jp
9 ポスター発表はチャンスの宝庫! amazon.co.jp
10 医学・生物学研究者のための 絶対話せる英会話 amazon.co.jp
11 国際学会のための科学英語絶対リスニング amazon.co.jp
12 医学・生物学研究者のためのホンネのアメリカ留学マニュアル amazon.co.jp
13 医薬研究者のためのケース別統計手法の学び方 amazon.co.jp
14 科学英語論文の赤ペン添削講座 amazon.co.jp
15 KOKUYO レーザーポインタ for PC サシ-51 amazon.co.jp
16 アクセプトされる英語医学論文を書こう! amazon.co.jp
17 デジタル文献整理術-最新 EndNote 活用ガイド amazon.co.jp
18 バイオ研究がぐんぐん進むコンピュータ活用ガイド amazon.co.jp
19 医薬研究者のための統計ソフトの選び方 amazon.co.jp
20 科学論文がスラスラ書ける!パソコンのやさしい使い方 amazon.co.jp

2006.03.25

Intel Mac対応版 GENETYX-MAC

遺伝子解析ソフトのGENETYX-MACの最新バージョン13はIntel MacのRosettaで作動した場合、一部の機能に不具合があるとのことで、ユニバーサルバイナリ化したバージョン13.1の無償ダウンロードを2006年4月1日よりおこなうそうです。

http://www.sdc.co.jp/genetyx/new/2006032001/

2006.03.24

JMPはIntel Macには対応していない

先日紹介したJMPですが、そこで、Intel-Macで多重比較をするとエラーが起こって計算ができないというバグを報告しましたが、SAS Instituteから正式なアナウンスがでていました。

A problem JMP is experiencing on Macs using Rosetta software emulation technology is causing the numeric results in JMP to be unreliable. We are communicating with Apple engineers and hope a fix will be available soon. In the meantime, we recommend that you do not use JMP 6 or any previous version of JMP under Rosetta.

というわけで、JMPをIntel-Macで動かそうという場合には、パッチが出るのを待ちましょう。

2006.03.23

「入門医療統計学」

「入門医療統計学」

著者:森実 敏夫著、税込価格:¥3,990、出版:東京図書、ISBN:4489006810、発行年月:2004.7【bk1】【amazon.co.jp】【目次

必要な数式は最低限に抑えられつつも、医療統計に必要な手法について基本的なものから、ROC分析、Kaplan-Meier生存分析、多重ロジスティック回帰分析、比例ハザード分析などの分析手法にまで解説しています。また、エクセル、JMP、SPSSといった統計ソフトを用いた計算方法についても紹介しており実用的です。バランスがとれた一冊でおすすめです。

関連の書籍は「研究者の書棚」>「統計関連書籍」をご覧下さい。

2006.03.22

「実感と納得の統計学」

「実感と納得の統計学」

著者:鎌谷 直之著、税込価格:¥4,410、出版:羊土社、ISBN:4897064953、発行年月:2006.4【bk1】【amazon.co.jp】【目次

P値などの計算が容易になるにつれ、統計学の本質はますます理解されにくくなっている現状を考え、統計的解析の本質をよく理解したいという読者の要望に応える目的で書かれた一冊です。統計学の本質的な理解よりも、当面の論文作成のためにとりあえずP値を計算する方法を知りたいだけの研究者向けの本ではないとのことで、かなりしっかりとした統計学の本になっています。

関連の書籍は「研究者の書棚」>「統計関連書籍」をご覧下さい。

2006.03.21

Rの情報源

統計ソフトのレビューの中で、Rについて言及するのを忘れていました。

R

Rは統計解析用のソフトですが、より正確には、統計計算とグラフィックスのための言語・環境です。Rはフリーウェアであり、GNUなソフトです。

メニュー型ではなく、コマンド型のインターフェースで、S言語・環境に似ていて、S用に書かれたコードの多くは変更なしでRでも実行できます。RはUnix、Windows、Mac OS X上で動きます。

近年Rに関する日本語の書籍が多く出版されており、初心者でも手を出しやすくなっています。

【Rの情報源】

Rの関連書籍は「研究者の書棚」>「統計関連書籍」をご覧下さい

2006.03.20

研究に有用なソフトウェア-統計ソフト

ここ数日のエントリーをまとめて、統計ソフトのレビューをしたいと思います。

医薬研究者のための統計ソフトの選び方 」【bk1】【amazon.co.jp】を参考にして、現在よく使われている統計解析ソフトをまとめてみました。

  販売会社 Platform 値段 日本語化 使用論文数
SAS SAS Win, Mac レンタル制   186
SPSS SPSS Win, Mac(英語版のみ ¥94,500(A) あり 243
Stata インフォーマティック Win, Mac, UNIX ¥126,000(A), $625(A) なし 93
StatView SAS Win, Mac OS9のみ 生産中止 あり 151
STATISTICA スタットソフト Win ¥129,500 あり 62
SigmaStat HULINKS Win ¥87,885(A) なし 103
SYSTAT HULINKS Win ¥191,100(A) あり 33
MINITAB インフォーマティック Win ¥41,790(A) あり 15
Prism エムデーエフ Win, Mac $445.50(A) なし 393
JMP SAS Win, Mac ¥54,000(A) あり 41
Excel Microsoft Win, Mac   あり 187

※使用論文数はBMJ, JCI, JPET, PNAS, JAPに掲載された論文のうち該当ソフトが使われている論文数。。
※(A)はアカデミック価格。

 

StatView ( 英語版日本語版

統計解析の定番ソフトですが、残念ながら、Statview 5を最後に、2002年12月末で生産中止になってしまいました。解説本もいろいろ発売されています。私も愛用していましたが。Mac版はOS9でしか動きませんので、OSXからはClassic環境で動かす必要があります。また、Intel MacではClassic環境がサポートされませんので、StatViewを動かすことはできません。Windows版もあります。

statview関連書籍

 

SPSS ( 英語版日本語版)

Windows版の統計解析ソフトではもっとも使われているソフトです。Mac版もSPSS for Macとして存在しますが、英語版のみで、バージョンがWindows版に比べ遅れています(Macは11、Winは14)。SPSSはSASとほぼ同じ時期に作られた高い信頼性を持つ汎用統計パッケージです。通常はメニューにより操作しますが、コマンド式でも使えます。SPSS Baseを中心にして、必要なオプションを追加することになります(医学用であれば、BASE systemにAdvanced ModelsとRegression Modelsを追加すれば十分)。医学用のパッケージとして、SPSS Health Care PackDr. SPSS IIが存在します。

SPSS関連書籍

 

Prism (Graphpad社(有)エムデーエフ)

PrismGraphpad PrismはUCSDの薬学研究者であったMotulsky博士が作った統計ソフト、医学生物学における統計解析にフォーカスしているため、生存率解析などの統計解析がそろっています。残念ながら日本語化はされていません。Graphpad社、または、日本の代理店((有)エムデーエフ)から購入できます。Prismに関する書籍は現時点では発行されていませんが、日本の代理店を通して購入した場合は日本語のマニュアルが添付されています。Mac版とWindows版があり、どちらも、価格は$495(アカデミックプライスは$445.50)、日本の代理店から直接購入した場合は、¥79,380です。現在、Prism 4が最新版です。

統計ソフトはどれもそうなのですが各ソフトによって手順や操作性が異なります。Statviewに慣れていた私にはPrismの最初のデータテーブルの作り方からして、とまどいました。しかし、Statviewとの手順の違いに慣れてしまえば、インターフェースを含めとても使いやすいソフトだと感じました。統計解析の手法も私が使う範囲ではほぼ十分だと思いました(唯一、ANCOVAがないのが残念でした)。優れていると感じたのは、データセットに対して適切でない統計解析法は選択できないようになっていることです。また、グラフのクオリティは他の統計ソフトに対する大きなアドバンテージだと思います。

一つだけ、とても気になったのは、多重比較をおこなった際にp値が<0.05と表示されるだけで、実際のp値が出力されないという点です。多重比較というのは、非常によく使う解析法なので、この点が改善されないと私自身、乗り換えることができません。もし、実際のp値を出す方法をご存じの方がいらっしゃれば、是非教えて下さい。

昨年、アップル-MedicalでPrismが取り上げられましたので、是非読んでみて下さい。

アップル - Medical - Prism:医学統計解析をインタラクティブに処理

上記のp値の問題があるので、私自身は、完全に乗り換える決断は下せませんが、30日間のDEMO版がダウンロードできますので、気になる方は試してみて下さい。

なお、以下の書籍はPrismの解説書ではありませんが、Prismを開発したMotulsky博士の書で、統計の書籍として人気のある本です。

「数学いらずの医科統計学 〜コンピュータ・エイジのための統計学指南」

著者:Harvey Motulsky、津崎 晃一監訳、税込価格: ¥4,935 (本体: ¥4,700)、出版:メディカル・サイエンス・インターナショナル、ISBN:4-89592-175-1、発行年月:1997.12 【bk1】 【amazon.co.jp


JMP ( 英語版日本語版)

Prismと並んで、現在のMac OSXで動く統計ソフトとしてあげられるのがJMP。Statviewが開発中止になったときには、後継ソフトとしてJMPが指定されたわけですが、私の周囲を見ても、JMPに移行する人は多くなく、classic環境でStatviewを使い続ける人が大半でした。私自身もそうでした。

JMPはSASInstitute Inc.の創業者の一人であるJohn SallがMac用に開発したメニュー型ソフトで、John's Macintosh Productの頭文字を取ってJMPと名付けられました。JMPは操作性を重視して作られた SASの廉価版と位置づけと考えるとわかりやすいと思います。JMPの操作手順は探索的であり、適応すべき統計手法をソフト側が判断するというのが一番の特徴です。統計手法の選択に熟知していない人にはありがたい反面、統計手法に精通した人にはまどろっこしいという感じがするかもしれません。

私自身、操作手順やJMP独自のデータのヴィジュアル化に慣れていない部分もあり、食わず嫌いでしたが、うちの大学にはサイトライセンスがあるということで、JMP 5.1を使ってみることにしました。 ちなみに、現在は、JMP 6が最新版になっています。

医薬研究者のための統計ソフトの選び方 改訂2版」【bk1】【amazon.co.jp】に沿って、実際にJMPを使ってみると意外と使いやすいソフトであることが気付きました。「バイオ研究がぐんぐん進むコンピュータ活用ガイド」【bk1】【amazon.co.jp】の統計ソフトの紹介で、田久先生が「SASやSPSSからJMPに乗り換える人はいるけれど、一度JMPを使ってほかのソフトに乗り換える人はいない」と言っているのがわかるような気がしました。

多重比較に関しては、TukeyのHSD検定、HsuのMCB検定、Dunnettの検定をサポートしています。TukeyとDunnettでほとんど対応ができると思いますが、Dunnettでは正確なp値は出るものの、Tukeyでは正確なp値は出ません。先日紹介したPrismはTukey, Newman-Keuls, Dunnett, Bonferroni といった多重比較法をサポートしていますが、いずれも正確なp値は算出しません。ちなみに、StatviewもTukeyとDunnettのP値は算出しません。

あと、一つの問題は、Intel Mac上でのJMP 5.1の動作は保証されていないと言うこと。実際MacBook ProでJMP5.1を動かした場合、一件問題なく動いているのですが、多重比較計算だけはエラーが出てしまって計算できません。来月、JMP 6のサイトライセンスが始まるようなので、それに乗り換えて検討してみたいと思いますが、JMPのUB化を待たないといけないかもしれません。いずれにしても、思っていたよりはるかに使いやすいソフトでした。

JMPの正規価格は153,300円ですが、アカデミック版は63,000円、また、東京大学、慶應義塾大学、関西学院大学はサイトライセンスを導入していますので、無料で使用可能です。

JMP関連の書籍は「研究者の書棚」>「統計関連書籍」をご覧下さい

 

Excelのアドイン統計ソフト

これは単体の統計ソフトではありませんが、Excelのマクロ機能を使って、Excel上で統計解析をおこなうアドインソフトと呼ばれるものを使っている方も多いようです。Excelのアドイン統計ソフトにはフリーウェアをふくめたくさんのものがあります。

2006.03.19

JMP

Prismと並んで、現在のMac OSXで動く統計ソフトとしてあげられるのがJMP。Statviewが開発中止になったときには、後継ソフトとしてJMPが指定されたわけですが、私の周囲を見ても、JMPに移行する人は多くなく、classic環境でStatviewを使い続ける人が大半でした。私自身もそうでした。

JMPはSASInstitute Inc.の創業者の一人であるJohn SallがMac用に開発したメニュー型ソフトで、John's Macintosh Productの頭文字を取ってJMPと名付けられました。JMPは操作性を重視して作られた SASの廉価版と位置づけと考えるとわかりやすいと思います。JMPの操作手順は探索的であり、適応すべき統計手法をソフト側が判断するというのが一番の特徴です。統計手法の選択に熟知していない人にはありがたい反面、統計手法に精通した人にはまどろっこしいという感じがするかもしれません。

私自身、操作手順やJMP独自のデータのヴィジュアル化に慣れていない部分もあり、食わず嫌いでしたが、うちの大学にはサイトライセンスがあるということで、JMP 5.1を使ってみることにしました。

医薬研究者のための統計ソフトの選び方 改訂2版」【bk1】【amazon.co.jp】に沿って、実際にJMPを使ってみると意外と使いやすいソフトであることが気付きました。「バイオ研究がぐんぐん進むコンピュータ活用ガイド」【bk1】【amazon.co.jp】の統計ソフトの紹介で、田久先生が「SASやSPSSからJMPに乗り換える人はいるけれど、一度JMPを使ってほかのソフトに乗り換える人はいない」と言っているのがわかるような気がしました。

多重比較に関しては、TukeyのHSD検定、HsuのMCB検定、Dunnettの検定をサポートしています。TukeyとDunnettでほとんど対応ができると思いますが、Dunnettでは正確なp値は出るものの、Tukeyでは正確なp値は出ません。先日紹介したPrismはTukey, Newman-Keuls, Dunnett, Bonferroni といった多重比較法をサポートしていますが、いずれも正確なp値は算出しません。ちなみに、StatviewもTukeyとDunnettのP値は算出しません。

あと、一つの問題は、Intel Mac上でのJMP 5.1の動作は保証されていないと言うこと。実際MacBook ProでJMP5.1を動かした場合、一件問題なく動いているのですが、多重比較計算だけはエラーが出てしまって計算できません。来月、JMP 6のサイトライセンスが始まるようなので、それに乗り換えて検討してみたいと思いますが、JMPのUB化を待たないといけないかもしれません。いずれにしても、思っていたよりはるかに使いやすいソフトでした。

JMPの正規価格は153,300円ですが、アカデミック版は63,000円、また、東京大学、慶應義塾大学、関西学院大学はサイトライセンスを導入していますので、無料で使用可能です。

JMP関連の書籍は「研究者の書棚」>「統計関連書籍」をご覧下さい

関連情報は「研究に有用なソフトウェア - 統計ソフト」をご覧下さい。

2006.03.18

ビザ取得情報データベース

911テロ以降、ビザ発行に関する手続きがネコの目のように変わった時期に何か、研究留学ネットでできることはないかと考えて始めたのが、「ビザ取得情報データベース」です。その後、多くの情報が頻繁に寄せられるようになり、各領事館でのビザプロセスの時間の目安として非常に貴重な情報源になりました。今回、見た目を含め、プログラムを一から手直ししました。機能的には大きな違いはないと思いますが、今後ともご愛用頂ければ幸いです。

2006.03.17

留学経験者に聞きました

「留学経験者100人に聞きました」というタイトルでスタートした「留学経験者に聞きました」。このたび、プログラムをすべて書き直して、見やすくしました。なかなか100人が集まらずにタイトルを変更したわけですが、その後少しずつ回答者が集まり、いまではすべての問題に100人以上の方が答えて下さっています。留学経験者を対象にしたこのようなアンケートはとても貴重な資料ですので、もし、まだ、ご覧になったことがない人は是非ご覧になって下さい。また、回答して下さる方も募集しています。

2006.03.14

「ピュンピュン丸コンプリートDVD」

「ピュンピュン丸 コンプリートDVD」

田上和枝 加藤みどり 曽我町子 白石冬美 八奈見乗児 、東映(2005/01/21)、価格:¥ 24,570(税込)、ASIN:B0003JKML0 【amazon.co.jp

子供の頃、夏休みは朝10時くらいから再放送のアニメが3本くらいやっていて、その中でも印象深いのが「ピュンピュン丸」。財津一郎の歌う主題歌を手にして以来、何とか映像を見てみたいと思っていたのですが、昨年、「ピュンピュン丸コンプリートDVD」が出ていることを知りました。さっそく買ってみました。30年ぶりに見ると、こんなアニメだったけ?という感じですが、ドタバタギャグぶりは今見ても高レベル。あまりの荒唐無稽ぶりに放送中止になったというのも納得できます。ちなみに、タイトルは、てっきり、「花のピュンピュン丸」だと思っていたら正式なタイトルは「ピュンピュン丸」でした。原作がつのだ次郎だったとは知りませんでした。

現在、我が家は現在、「ピュンピュン丸」一色。きびしーっ。


2006.03.10

GraphPad Prism

Statviewが開発を中止して以来、Mac愛好家は統計ソフト難民となってしまいました。選択肢としては、

  • Classic環境でStatviewを使い続ける。
  • JMPに乗り換える。
  • Prismに乗り換える。
  • Excelのアドインソフトに乗り換える。

これまで、私はClassic環境でStatviewを使い続けていたのですが、いよいよIntel MacではClassic環境が動かなくなるために他の統計ソフトへの乗り換えをを考えなければいけない時期になりました。Statviewを開発していたSAS InstituteはStatviewの後継ソフトとしてJMPを紹介していましたが、JMPは探索型のソフトウェアで、Statviewとはかなり操作性が異なる印象があります。というわけで、もう一つの候補であるPrismのDemo版を手に入れて試してみました。

PrismGraphpad PrismはUCSDの薬学研究者であったMotulsky博士が作った統計ソフト、医学生物学における統計解析にフォーカスしているため、生存率解析などの統計解析がそろっています。残念ながら日本語化はされていません。Graphpad社、または、日本の代理店((有)エムデーエフ)から購入できます。Prismに関する書籍は現時点では発行されていませんが、日本の代理店を通して購入した場合は日本語のマニュアルが添付されています。Mac版とWindows版があり、どちらも、価格は$495(アカデミックプライスは$445.50)、日本の代理店から直接購入した場合は、¥79,380です。

統計ソフトはどれもそうなのですが各ソフトによって手順や操作性が異なります。Statviewに慣れていた私にはPrismの最初のデータテーブルの作り方からして、とまどいました。しかし、Statviewとの手順の違いに慣れてしまえば、インターフェースを含めとても使いやすいソフトだと感じました。統計解析の手法も私が使う範囲ではほぼ十分だと思いました(唯一、ANCOVAがないのが残念でした)。優れていると感じたのは、データセットに対して適切でない統計解析法は選択できないようになっていることです。また、グラフのクオリティは他の統計ソフトに対する大きなアドバンテージだと思います。

一つだけ、とても気になったのは、多重比較をおこなった際にp値が<0.05と表示されるだけで、実際のp値が出力されないという点です。多重比較というのは、非常によく使う解析法なので、この点が改善されないと私自身、乗り換えることができません。もし、実際のp値を出す方法をご存じの方がいらっしゃれば、是非教えて下さい。

昨年、アップル-MedicalでPrismが取り上げられましたので、是非読んでみて下さい。

アップル - Medical - Prism:医学統計解析をインタラクティブに処理

上記のp値の問題があるので、私自身は、完全に乗り換える決断は下せませんが、30日間のDEMO版がダウンロードできますので、気になる方は試してみて下さい。

なお、以下の書籍はPrismの解説書ではありませんが、Prismを開発したMotulsky博士の書で、統計の書籍として人気のある本です。

「数学いらずの医科統計学 〜コンピュータ・エイジのための統計学指南」

著者:Harvey Motulsky、津崎 晃一監訳、税込価格: ¥4,935 (本体: ¥4,700)、出版:メディカル・サイエンス・インターナショナル、ISBN:4-89592-175-1、発行年月:1997.12 【bk1】 【amazon.co.jp


2006.03.09

「医薬研究者のための統計ソフトの選び方 改訂2版」

「医薬研究者のための統計ソフトの選び方 改訂2版」

著者:奥田 千恵子著、税込価格:¥2,520、出版:金芳堂、ISBN:476531197X、発行年月:2005.8【bk1】【amazon.co.jp】【目次

いくつかの市販の統計ソフトの機能や特徴をExcelと比較することにより、Excelの次に用いる統計専用ソフトを選ぶ指針を示した貴重な本です。第1版では、Excel、SPSS、Statview、Prismを使って、いくつかの例題を解いてみて各ソフトの解析手順や出力などを詳細に比較していました。しかし、第1版が出版された直後にStatviewが開発中止になってしまったために、第2版では、Statviewの代わりにJMPが取り上げられ、Excel、SPSS、JMP、Prismの機能比較がおこなわれています。どの統計ソフトを使おうかと迷われている人にも参考になると思います。

統計関連書籍は「研究者の書棚:統計関連書籍」をご覧下さい。

2006.03.08

「マウスカラーアトラスと写真で見る脳実験マニュアル」

「マウスカラーアトラスと写真で見る脳実験マニュアル」

著者:黒川 衛編集、税込価格:¥7,140、出版:羊土社、ISBN:4897064945、発行年月:2005.12【bk1】【amazon.co.jp】【目次

脳の研究で、いざ、実験するとなっても、手術はどうするのか、麻酔はどうするのか、そもそも部位の同定ができない、組織切片の染色はどうするか?こういった基本的な実験手技や知識は各研究室で口頭伝承で伝えられることが多く、脳研究をおこなっていない研究室で新たに脳の研究を始める場合には、どこかの研究室に習いに行かなくてはなりませんでした。本書は脳研究に必要な解剖、組織染色、手技、培養、特殊な手術、行動解析など脳研究者に必要な知識を網羅した貴重な一冊です。脳研究者には必携の一冊と思います。また、マウスの基礎知識も満載なので、分野を問わずマウスを扱う研究者にも役立つと思います。

実験動物取り扱いに関する書籍は「研究者の書棚:バイオ実験関連書籍」をご覧下さい。

2006.03.05

Mac mini

MacBook ProもAir-Edegeカードが使えないということと、鞄に入らないということを除けば仕事用に用いても問題なさそうな雰囲気なので、Mac miniの方もリプレースすることにしました。

ポチッ。

Mac mini

2006.03.04

D-FAX

D-FAXは無料でFAX受信専用電話番号がもらえて、受信したFAXをメールで受け取れるサービスです。

D-FAXを登録すると、020で始まる電話番号が割り当てられます。この電話番号あてにFAXを送ると、TIFF形式の画像に変換された後、メールに添付されて登録されたアドレスに送られてきます。FAX受信専用電話番号をもらうのは無料で、FAXを受信するのも無料です。では、このサービスはどこで収益を上げているかというと、送信者がFAXを送る際の送信料がやや割高になっていることになりあます。10円/40秒の送信料に1回の送信に基本料30円がかかります。したがって、受信者も国内にいるとなると、送信者に余分な費用をかけてしまうわけですが、もし、あなたがアメリカに住んでいて、日本からFAXを送ってもらうとなると、割安になるのではないでしょうか。

受信者は家にいなくともFAXが受け取れる、無駄に印刷せずに、必要なFAXはコンピュータ上に残せるというメリットもあります。

2006.03.03

Intel MacのSafariでFlashが見られない

MacBook ProのSafariでwebページを見ていると、「インターネットプラグインが見つかりません」というアラートが出てきてFlashが表示されません。指示に従って、最新のMacromedia Flash PlayerをインストールしてもやはりFlashを見ることができません。

これはUniversal Binaryで動くSafariにPowerPC用のFlash Playerがインストールされたためにおこった不具合のようです。Intel MacのSafariにはUniversal Binary版のFlash Playerがインストールされているのですが、Studio8をインストールした際にPowerPC版のFlash Playerがインストールされてしまったのかもしれません。 Macromediaが配布している最新版のFlash PlayerはPowerPC版で、Universal Binary版のFlash Playerを手に入れることはできません。

1つの解決方法は、Safari自体をRosettaで動かすという方法。具体的な方法はアップルのTech Info Libraryにあります。ただし、この方法ではせっかくUniversal BinaryのSafariをRosettaで動かすことになり、Safari自体の動作が重くなってしまいます。

もう一つの解決法は、OS自体を再インストールするというものです。これも大変ですね。

裏技として、付属のインストールDVDからFlashプラグインを取り出す方法がmidN-k 夜更かしさんの「intel iMac Flashが見れない 見れなくなった」にありました。さっそく、私はこの方法で対処しました。

/Library/Internet Plug-Ins内の以下のファイルを削除しておく。
Flash Player Enabler.plugin
Flash Player.plugin
flashplayer.xpt

OSX インストールディスク1内のSystem/Installation/Packages/Essentials.pkgを探し、コンテキストメニューの「パッケージの内容を表示」を実行し、Contentsの中にArchive.pax.gzを探す。この中にプラグインがおさめられている。

Archive.pax.gzからファイルを取り出すにはターミナルからの操作が必要。まず、Archive.pax.gzを適当な場所にコピーします。たとえば、デスクトップにtempというフォルダを作ります。

cd ./Desktop/temp

以下のコマンドで展開します。

gunzip -c Archive.pax.gz | pax -r

展開されたフォルダの中に中にLibrary/Internet Plug-Insフォルダの中にFlash Player.pluginというファイルがあるので、これを/Library/Internet Plug-Insフォルダにコピーする。

(以上、自己責任で)

後日談(2006.3.19)

MacFixItの「Adobe offers downloadable Universal Binary version of Flash Player」によれば、Universal Binary版のFlash Playerがダウンロードできるようになったようです。 これを使えば、上記のようにインストールディスクから取り出す必要はありません。ただし、Preview Versionということになっています。

Downloadはこちらから。

Mac mini

2006.03.02

医療辞書

これまでかな漢字変換プログラムはずっとATOKを使ってきましたが、その理由は、今までのことえりがあまり賢くなく、ATOKの方が賢かったからです。最近のことえりはかなり賢くなったようですが、ATOK用のキーバインドが体に身に付いてしまっているので、なかなか変更するのが難しいというものがあります。

現在、ATOKはIntel Macに対応しておらず、次回のメジャーバージョンアップで対応するということになったので、多分半年ぐらいはATOKを使うことができません。 ことえりを使わなければいけないかなと思っていたのですが、EGBRIDGEがいち早くIntel Mac対応のパブリックβ版をリリースしました。EGBRIDGEはATOKやことえりといった他のFEPの操作方法と同じにするという機能があり、ATOKのキーバインドがそのまま使えます。EGBRIDGEはいつも対応が早く、最近ではかなり評判もいいので、しばらくEGBRIDGEを使ってみようかと思っています。3月24日にはIntel Macに対応したegbridge Universalが発売されるようです。

ATOKが手放せないもう一つの理由として、医療辞書 for ATOKが使えるというのがあります。医療関係者の場合、知らず知らずのうちに医学用語を使っているのですが、医学用語が一発で変換されるようになると日本語の入力がものすごく早くなります。私もATOK専用の医学辞書、医療辞書 for ATOKにであってものすごく日本語の入力が楽になりました。たまに、医療辞書 for ATOKがインストールされていないコンピュータを使うとそのことが実感されます。

最近になって知ったのですが、医療辞書にはATOK用の医療辞書だけの「医療辞書 for ATOK」というパッケージと、ことえりやIME用の医療辞書も含まれた「医療辞書」という2つのパッケージが存在します。私は「医療辞書 for ATOK」しかないと思っていたのですが、「医療辞書」を購入すれば、私が味わった医療辞書の便利さはATOK以外にWindowsのデフォルトのかな漢字変換プログラムのMS-IMEとMacのデフォルトのかな漢字変換プログラムのことえりでも味わうことが可能と言うことです。そして、医療辞書の最新版からはEGBRIDGEにも対応するようになりました。 というわけで、ATOKをEGBRIDGEに乗り換える決心が付きました。

医療辞書は、医療関係者の方には絶対におすすめです。Windows使いの人にも。

 

「医療辞書’06」

オフィス21(2006/02/17)、価格:¥ 10,849(税込)、ASIN:B000EBFWLC 【amazon.co.jp

[Windows用] ATOK 2006/2005/17/16, MS-IME 2003/2002
[Macintosh用] ATOK2005/17/16, ことえり3/4(MacOSXv10.2〜4), EGBRIDGE 13/14/15に対応しています。うれしいことに、Windows/Macのハイブリッド版です。


「医療辞書’06 for ATOK CD-ROM」

ジャストシステム(2006/02/10)、価格:¥ 9,500(税込)、ASIN:B000COQCC4 【amazon.co.jp

上記のパッケージのうち、ATOK用のみを収載したものです。Windows/Macのハイブリッド版です。


「EGBRIDGE 15」

エルゴソフト(2004/10/22)、価格:¥ 7,750(税込)、ASIN:B00066J1JY 【amazon.co.jp

EGBRIDGE15はIntel Mac非対応ですが、egbridge Universalへの無料アップグレードがおこなわれていますので、このパッケージを購入しておいて、Intel MacではEGBRIDGE 15パブリックβ版を使っておいて、 egbidge Universalへ無料でアップグレードする、というもいいでしょう。


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